尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

(资料图片仅供参考)

目前大多使用clusterProfiler进行GO富集分析，但需要R语言进行编程。但其实cytoscape软件也可以进行富集分析，因为具有可视化的界面比较容易操作，直接将研究基因粘贴即可，下面小果就来演示下操作

1、安装ClueGO插件

我们使用cytoscape的ClueGO插件进行富集分析，首先我们进入App Manager

搜索ClueGo，点击安装，这里小果是已经安装好了的，所以显示Installed

安装完之后我们还需要申请license才能使用，进入网站http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml  输入基本信息和邮箱即可

大概等个3天，就收到邮件了，有人提到邮箱会影响收许可证，我这里使用的是163邮箱

2、进行富集分析

我们在apps 一栏 点击 ClueGO

即可使用ClueGO插件

点击熊掌图标，下载所需物种的数据库

打钩后点Downlod下载即可

输入研究基因集

勾选GO和KEGG富集分析

设置参数，我这里为了演示调低了阈值，一般默认参数即可

点击start

选择感兴趣的区域，输出图片即可

注意这里

节点表示富集通路

节点的连线表示通路之间存在共有的基因

颜色表示该节点的富集分类

今天的分享就到这里了，欢迎小伙伴们有问题来找小果交流讨论哦。

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